Korisnik: Institut Ruđer Bošković, Zavod za molekularnu medicinu, Laboratorij za bioanalitiku

Partner na Projektu: Conscius d.o.o.

Cilj Projekta: sintetizirati reagens za pripremu uzoraka za MS (maseni spektrometar) analizu, koji bi omogućio originalnu engl. „all-in-one“ kvantitativnu i kvalitativnu analizu proteina za potrebe industrije i biomedicinskih znanosti.

Rezultati Projekta: patentna prijava inovativnog reagensa, objavljeni znanstveni radovi, razvoj i komercijalizacija bioinformatičkog segmenta u RH.

Projektne aktivnosti: sinteza inovativnog reagensa, izrada inovativnog softvera, transfer znanja i tehnologije i diseminacija; upravljanje projektom te promidžba i vidljivost.

Ukupna vrijednost Projekta: 8.101.868,26 HRK
Iznos EU potpore:  6.799.224,28 HRK
Razdoblje provedbe Projekta: prosinac 2020. – prosinac 2023.

Laboratorij za bionalitiku (LaBA) se bavi proteomskim analizama i razvojem novih alata – od derivatizacijskih reagenasa iz područja kemije do algoritama iz područja bioinformatike. Nadalje, laboratorij se bavi i određivanjem biološke uloge “malih molekula”, kao i biopolimera, usmjerenim u pravcu njihove detaljne karakterizacije te karakterizacije interakcija vezanih uz njih.

Znanstveni interes laboratorija fokusiran je na istraživanje i razvoj alata za:

• kvalitativnu i kvantitativnu analizu proteina za potrebe medicine i biotehnološke industrije;
• kvantitativnu aminokiselinsku analizu proteina;
• kvalitativnu i kvantitativnu analizu malih molekula u vodenim beskralješnjacima u svrhu procjene okolišnog zdravlja akvatičkih ekosustava;

pretražni ekspertni sustav za de novo određivanje homolognih proteina.

Ekspertize Laboratorija za bioanalitiku vezane uz tekućinsku kromatografiju i rad s robotiziranim kromatografskim sustavima nadopunjavaju se s istraživanjima vezanima uz okoliš, koja se ostvaruju pomoću razvijenih alata za biotipizaciju i izolaciju supstancija iz okolišnih uzoraka flore i faune. Upotrebom najsuvremenijih kromatografskih metoda, gdje se potpunim spojem proteomike, “malih molekula” i okolišnih uzoraka čini cjelina, ubrzava se i kritički evaluira potraga za biološki aktivnim molekulama.

Conscius d.o.o je tvrtka koja se u svojoj osnovi bavi razvijanjem softverskih rješenja temeljenih na Microsoft i engl. „open source“ tehnologijama. Pri tome se počesto definiraju procesi vezani uz procese automatizacije i obrade velikih baza podataka kroz vlastito razvijene originalne algoritme. Razvijamo rješenja po narudžbi te pri tome pružamo usluge softverskog održavanja i nudimo cijeli niz konzultantskih usluga iz područja informacijskih tehnologija.

IRB tim-nositelj projekta:

Dr. sc. Mario Cindrić

Voditelj Laboratorija za bioanalitiku, Instituta Ruđer Bošković i Qua/Qua Protein, biokemičar i izvanredni profesor molekularne biologije na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu u Zagrebu je predlagatelj i provoditelj Qua/Qua ideje. U osnovici Qua/Qua projekta jest kvantitativna i kvalitativna analiza proteina, peptida i aminokiselina uz pomoć spektrometrije masa i µSPE (mikro-ekstrakcija na krutom nosaču) kromatografije. Naglasak je na brzini analiza, točnosti i ponovljivosti rezultata.

Dr. sc. Nikola Basarić

Voditelj Laboratorija za sintetsku organsku kemiju, Instituta Ruđer Bošković, koji nastavlja tradiciju Laboratorija za sintetsku i fizikalno-organsku kemiju s interesom u području kemije kavezastih molekula. Sintetski i organski kemičar s velikim iskustvom u pripravi derivatizacijskih i interkalirajućih reagensa proteina, peptida i amino kiselina. Na projektu Qua/Qua Protein zadužen je za dizajn i ostvarenje jednog od dva centralna cilja projekta novosintetiziranog i patentabilnog derivatizacijskog reagensa.

Dr. sc. Amela Hozić

Član Laboratorija za bioanalitiku, Instituta Ruđer Bošković te u projektu Qua/Qua Protein Voditeljica programskog paketa Transfer znanja i tehnologija. Ekspert zadužen za bioanalize proteina i peptida, odnosno razvoj metoda, kojima se iste mogu pratiti. Također, u području bioinformatičkih djelatnosti osigurava izradu i obradu podataka prema partneru projekta.

Mag. chem. Lucija Dončević

Član Laboratorija za bioanalitiku, Instituta Ruđer Bošković i u projektu Qua/Qua Protein asistent u programskim paketima Inovativnog reagensa i Transfera tehnologije. Osim sinteze biokonjugata, zadužena je za razvoj novih metoda i tehnika vezanih uz analize peptida, proteina, amino kiselina i njihovih sintetskih inačica. Razvija ekspertizu u pravcu spektrometrije masa i kromatografskih tehnika analiza te je redovan student doktorskog studija kemije na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu.

Mag. chem. Luka Ozdanovac

Član Laboratorija za bioanalitiku, Instituta Ruđer Bošković i u projektu Qua/Qua Protein asistent u programskim paketima Inovativnog reagensa i Transfera tehnologije. Valja naglasiti da je punopravan član tima, no zaposlen putem HrZZ-a. Osim sinteze biokonjugata, zadužen je za razvoj novih metoda i tehnika vezanih uz analize peptida, proteina, amino kiselina i njihovih konjugata. Razvija ekspertizu u pravcu spektrometrije masa i kromatografskih tehnika analiza te je redovan student doktorskog studija kemije na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu.

Dr. sc. Željka Knežević Medija

Voditeljica Laboratorij za radijacijsku kemiju i dozimetriju ima izrazito bogato i veliko iskustvo u prijavi i provedbi EU projekata. Za razliku od istraživanja materijala, koja su uglavnom usredotočena na pripravu i karakterizaciju novih materijal i istraživanja usmjerena su na fizičko-kemijske učinke zračenja u materijalima i na iskorištavanje tih učinaka, isti učinci će se primijeniti u istraživanju proteina, peptida i aminokiselina kao i interakcija zračenja s derivatizacijskim učincima kemijskih reakcija priprave konjugata i kompleksa.

Conscius tim-partner projekta:

Branimir Grilec, direktor

Direktor i koordinator provedbenih aktivnosti unutar Consciusa i spram IRBa. Aktivnosti na projektu su vezane za Transfer tehnologije i koordinaciju rada programera i developera na provedbenoj aktivnosti Inovativni softver. Dugogodišnje iskustvo u izradi algoritama po mjeri je pretočio u izradu specifičnog algoritma koji slova i riječi od 20 amino kiselina pretvara u pretražni algoritam s kojim se pretražuje NCBInr baza podataka. Također se na projektu bavi aktivnostima vezanim uz paralelizaciju i ubrzavanje rada softvera.

Mag. fiz. Tomislav Tustonić

Bioinformatički ekspert za izradu specifičnih alata, koji se nakon provjere u povratnoj sprezi Transfera tehnologije koriste u implementaciji u programska rješenja. Nositelj izrade multiplatformske aplikacija za Qua/Qua protein metodu, u okviru programskog paketa Inovativni softver, koja omogućava kvatitativnu i kvalitativnu analizu peptida, proteina i amino kiselina. Osim NCBInr baze s kojom su rađeni svi dosadašnji bioinformatički eksperimenti, bavi se implementacijom UniProt baze, čime se omogućava pretraga većine svih postojećih proteinskih baza i osigurava pretraga po homološkim karakteristikama.

Mag. ing. mech. Vedran Belić

Ekspert za implementaciju softvera u Lynux i Windows operativnom okruženju. Njegov rad je pretežito vezan uz ubrzavanje prijenosa podataka i izvršavanja algoritama, koji su načinjeni od strane IRBa ili tima partnera. Mjerenje i optimizacija brzine rada programskog paketa na navedenim platformskim inačicama i podinačicama. Paralelizacija rada izvršavanja rutina unutar programskog paketa i parcelizacija podatkovnog tijela. Optimizacija rada hardverskih komponenti u bioinformatičkom okruženju. Sve navedene aktivnosti su vezane za Transfer tehnologije i Inovativni softver, gdje aktivno sudjeluje u komunikaciji i prijenosu podataka na relaciji Conscius IRB i povratno.